民國八十八年，忠恕學院秘書處專責小組決議：日後學院的初、中級部由各單位自行辦理，原院本部的初、中級部亦由台北先天道院自翌年起接手承辦。因此，自五月起，先天道院開始辦理各區辦事員學習調查，從中了解地方學長在忠恕學院的學習情形，並於八月起將初級部結業學長分三梯次開設輔訓班再進修，同時要求各區籌設新民班，作為初級部第一期學員的來源。

八十九年二月，台北分部正式開始招生，同時招收初、中級部一年級的新生，此後即依忠恕學院新學制運作，初、中級部各有四年的修業年限。師資來源除了院本部原本安排的點傳師及講師外，也加入部份外聘講師及部份先天道院本身的師資。九十一年開始，每年並定期舉辦輔導班務研習會，以凝聚幹部的共識。

民國九十二年起，鑒於新學員的年齡差距過大，一方面影響學習效果，一方面也降低許多年輕人的參與意願；因此台北分部特別針對年輕的學長另行開設一個班次，稱為「二班」，將四年的初級部課程縮短為三年；並於三月初開始正式上課。該年二月，為因應二班的成立，特別舉行了一次「資優跳級測驗」，使部份無法及早就讀忠恕學院的優秀學長，能提早獲得輔導資格。同年十二月，初級部第一期進行三寶驗收，整個初級部運作了四年一個週期，也大致底定下來。

目前初級部方面，一年級由范秀英、張雙全、邱啟木三位點傳師主班，課程包括基本道義專題、分組研討、疑問解答、參辭駕禮、獻香禮演練驗收等；二年級由劉定文、張晃彰點傳師主班，主要課程為淺近道義專題、分組討論、疑問解答及獻供禮、請壇禮的演練與驗收。三年級以基礎辦事員課程為主，包含辦事員專題、《復初淺言》研討報告、獻供禮、請壇禮、辦道禮、開壇禮的演練及驗收、填表掛號與辦道操持演練驗收，目前由吳甜、林鴻輝兩位點傳師主班。四年級則由潘風明、王垂統及廖素珮三位點傳師帶領，主要課程為三寶班的訓練，包含三寶心法專題、道義開示練講、三寶練講、《不朽的真理》研討報告和禮節總複習、驗收。

中級部的課程以經典研習為主，並於每年穿插術科課程的學習。一年級現由簡清華、黃樹和點傳師主班，主要研習的經典為《大學》、《中庸》；二年級主班點傳師為王垂禾、賴居德兩位點傳師，以研讀《六祖壇經》為主；三年級由湯學榮點傳師帶領，並進行《道德經》的研討；四年級則以學習《金剛經》為主，由吳漢義點傳師及龍欽烈點傳師共同帶班。

二班部份，學員多半為社會青年，年齡不超過四十歲，所以課程方式也較為活潑。目前一年級的課程包括：基本道義專題、分組研討、疑問解答及參辭駕禮、獻香禮、獻供禮的演練與驗收；由林鴻輝、廖素珮兩位點傳師主班。二年級則由簡清華、湯學榮點傳師帶班，課程以淺近道義專題、分組討論、疑問解答及獻供禮、請壇禮演練與驗收為主。

現今台北分部的運作以培養辦事人員為目標，因此也有一些相應的規定：如初級部三年級要求學員須回地方服務，並登錄在記錄卡上；三年級結業前並須立辦事人員愿（清口）才可升班；三、四年級皆有期末辦道，學員須渡人；四年級學員須學成道義開示或三寶講述，始可升班。中級部部份，除學習經典課程外，也有部份法施的實務練習；此外尚須配合地方道務，參與班務、壇務或企劃等運作；二年級的法會則有陌生渡眾等練習。凡此皆是希望學員們能在中級部的學習階段裡，對於法施、行政、成全的技巧能夠有所了解，並且能實際落實在地方道務中。